Ochrona lasu ma na celu przeciwdziałanie rozwojowi szkodliwych owadów i grzybów. W tym celu leśnicy usuwają z lasu drzewa zasiedlone przez szkodniki (posusz czynny), złomy (drzewa, których pień został złamany przez wiatr lub inny czynnik), wywroty (drzewa, których system korzeniowy został naderwany lub całkowicie wywrócone). Aby zapobiec namnażaniu się szkodliwych owadów wykładają różnego rodzaju pułapki. Mogą być to drzewa, które po zasiedleniu zostaną usunięte z lasu lub pułapki feromonowe, w których owady wabione zapachem wchodzą do specjalnych pojemniczków.  W ramach walki biologicznej ze szkodnikami owadzimi niezwykle skuteczną metodą jest ochrona pożytecznych ssaków owadożernych (ryjówki, jeże), płazów, gadów, ptaków i pożytecznych owadów. Skutecznie, zwłaszcza w drzewostanach sosnowych, przeciwdziała nadmiernemu rozwojowi owadów zasiedlenie i ochrona mrowisk mrówki ćmawej.

Na ubogich siedliskach borów sosnowych zastosowano ogniskowo – kompleksową metodę ochrony lasu. Polega ona na założeniu miejsc różnorodności biologicznej (remiz).

Przeciwdziałania chorobom grzybowym polegają przede wszystkim na biologicznym zabezpieczeniu pniaków po ściętym drzewie, zwalczaniu chemicznym i mechanicznym oraz na stosowaniu odpowiednich technik hodowlanych.

Szkody od zwierzyny występują w uprawach w postaci zgryzania (sarna, jeleń, łoś zjadają pączek szczytowy młodego drzewka), a w młodnikach w postaci spałowania (zwierzę podcina siekaczami korę i zrywa ją szarpnięciem głowy).  W celu uniknięciu tych szkód wykłada się drzewa zgryzowe.